La collection d’égyptologie
Dès la fin du 19e siècle, Ernest Chantre (1843-1924) alors sous-directeur du museum, rapporte de nombreux outils lithiques et des restes de momies humaines, mais ce sont principalement les missions de ses deux successeurs, Louis Lortet (1836-1909) et Claude Gaillard (1861-1945) au début du 20e siècle, qui enrichissent le fonds.
Des collaborations étroites se nouent en effet entre Louis Lortet et l’égyptologue Gaston Maspéro, alors directeur du Service des antiquités égyptiennes au Caire. Le museum a ainsi la possibilité de mener de nombreuses fouilles dans des nécropoles de sites incontournables tels que Thèbes, Karnak, Guizeh… Si elles permettent d’enrichir les collections de momies humaines ou de mobiliers funéraires , c’est la collection de momies animales se développe le plus. Avec 2500 spécimens conservés, le musée des Confluences possède encore aujourd'hui, la collection de momies animales la plus importante au monde après celle du musée du Caire.
À la même époque, Albert Gayet procure au musée une centaine de tissus et une dizaine de momies humaines issues de ses fouilles à Antinoë. Enfin, certaines pièces proviennent des fouilles de Koptos effectuées en 1910-1911 par Raymond Weill et Adolphe Reinach.
Le musée conserve également une très belle collection pré-dynastique issue des fouilles des nécropoles de Haute-Égypte, d'Abydos et de Nagada : diverses céramiques, palettes à fard, statuettes d’hommes et de femmes « dansant », sans oublier les deux exceptionnelles statuettes d’hommes barbus.
