La collection de minéraux, roches, gemmes
La collection s’est développée à partir du 19e siècle ; dans un premier temps, essentiellement avec des minéraux issus des exploitations minières de la région. Puis le fonds s’enrichit grâce à l’acquisition de spécimens provenant des empires austro-hongrois, germanique ou britannique. À la même période, une collection de roches est constituée et trouve son intérêt dans la volonté de comprendre comment et selon quelle chronologie se sont formés les paysages, comment les exploiter et où trouver certaines ressources économiques ; en témoignent, par exemple, les multiples échantillons de roches utilisées comme matériaux de construction.
Au début du 20e siècle, le musée acquiert un grand nombre de pièces auprès du célèbre minéralogiste Ferdinand Gonnard. Alexis Chermette, spécialiste mondialement connu de la fluorite, fait ses premiers dons en 1923 et lègue sa prestigieuse collection au musée en 1996. Cette période est également marquée par la donation d’un très bel ensemble de gemmes par Pierre Fumey, bijoutier et gemmologue lyonnais. Ces entrées en entraînent d’autres, plus modestes mais qui viennent les compléter du point de vue de la systématique. Ces dernières années, les acquisitions ont surtout eu pour objectif de combler certaines lacunes : c’est notamment le cas des météorites. Aujourd’hui, le musée conserve plus de 22 000 lots et spécimens ; la minéralogie, qui en représente près de la moitié et renferme de nombreuses pièces remarquables, fait partie des plus importantes collections françaises.